Magnetni enkoderji zaposlujejo bodisi aktivno (magnetizirani) ali pasivne (spremenljivke uporovne) lestvice in se lahko pozicionira uporabo zaznanih tuljav, Hall Effect ali magnetoresistive readheads. Z obdobjem obsega, kot optičnih enkoderjih (običajno nekaj sto mikronov do nekaj milimetrov), resolucij mikrona so v normi.